マトリックスの登場人物一覧は、映画『マトリックス』、『マトリックス・リローデッド』、『マトリックス・レボリューションズ』、OVA『アニマトリックス』、ビデオゲーム『ENTER THE MATRIX』に登場する人物たちの一覧を記述している。
ネブカドネザル号

2069年にアメリカで製造されたホバークラフト。「RELOADED」終盤に破壊されてしまった。
ネオ（トーマス・A・アンダーソン）

表向きは、大手ソフト会社のコンピュータープログラマーとして働いている好青年。裏の顔は数々のコンピューター犯罪を犯していたクラッカー。日々の生活の中、現実に違和感を覚え、何者かも知らないままにモーフィアスに近づこうとし、そのために、エージェントに狙われる。それらをきっかけとして、本当の現実の姿を知り、そこにある人類の存亡を賭けた戦いへと身を投じていく。
THE MATRIX
仮想世界（マトリックス）に住んでいる優秀なプログラマーだが、裏の顔は「ネオ (NEO) 」と呼ばれる、あらゆる電脳犯罪に手を染めるクラッカーだった。モーフィアスとコンタクトを取ろうとしたためエージェントに目を付けられ、追跡プログラムを仕込むための囮として捕縛される。その後、モーフィアスと出会い、選択を迫られた末に、現実世界の住人となる。オラクルとの会話から自分が救世主ではないことを悟るが、エージェントとの戦いで自分の意識がマトリックスの法則を突き破りかけていることを感じ、徐々に彼自身「自分が救世主ではないか」と信じ始める。仮想世界でエージェントとの戦いの末に撃ち殺されたが、その時トリニティーの愛によって蘇生し救世主として覚醒、スミスを倒す。救世主の能力とはマトリックスの情報を分解し、自分の望むとおりに書き換えることで自分の意識が届く範囲に対してマトリックスを操作することであり、エージェントがマトリックスを支配できるなら、自分はマトリックスを無視できることである。彼はその力を使って、マトリックスに繋がっている人類にマシンたちへの宣戦布告を呼びかける。
RELOADED
救世主として覚醒したことにより、楽々と複数のエージェントと戦える絶大な戦闘力を手に入れただけでなく、銃弾を止めるサイコキネシスや空を自在に飛び回る飛行能力を手に入れたアノマリー（異常情報体）となる。再びオラクルに会い、トリニティーが危機に陥る予知夢を見ていることを見抜かれる。ザイオンの壊滅を防ぐためにソースへ至ろうとするが、たどり着いたメインフレームにおいてアーキテクトから衝撃的な事実を知らされる。それは、「救世主」はマトリックスをより完全なものに近づけるため、進化の閉塞に至ったマトリックスを終わらせ、ソースに取り込まれることで自身の持つ情報を反映して、ヴァージョンアップした状態で新たにマトリックスの世界をリロード（再構築）する役目を負った、ただのプログラムであり、自分のような救世主が過去に5人いたということだった。そして、ザイオンは滅ぶがマトリックスに繋がれている人類は助かる道と、トリニティーを救い、ザイオンの住民と運命を共にする道の選択を迫られる。
REVOLUTIONS
マトリックスと機械世界の間の駅に監禁されていたところを、トリニティーに助けられる。ナイオビから譲り受けたロゴス号でマシンシティを目指すものの、道中で密航していたスミス／ベインと戦い、眼を焼かれる。しかし、覚醒して電子の流れ（ただし「電子の流れ」と思われる光が写っているシーンでは雷が描写されないなど疑問点が残るため、プログラムによる「情報の流れ」との解釈もある）を見て存在を感じ取ることができ、ベインを倒す。その後、センチネルの追撃を振り切りマシンシティの心臓部に向かうが、制御不能に陥ったロゴス号がマシンシティ構造物と衝突し、その際トリニティーを失う。悲しみを乗り越え最深部に向かい、マシン達の統合知性体デウス・エクス・マキナとの間に、スミスを倒すかわりにザイオンを見逃し、人類を解放して戦争を終わらせる取り引きを交わす。仮想世界で、大雨の中スミスと最終決戦を繰り広げる。戦闘の最中、勝利を確信したスミスの放った一言を聞き、スミスの中に同化されきっていないオラクルがまだ存在していること、スミスの不可解な復活に始まる一連の出来事が全て、人類・マシン双方にとって脅威となる存在を作為的に生み出すことによって、戦争を終わらせるためのオラクルの計画であったことを理解し、わざとスミスに同化されることで外部からのアクセスが不可能になっていたスミスへの進入口を作り出し、デウス・エクス・マキナによって、スミスもろとも消去プログラムによって破壊される。人類とマシンの戦争はここに終結し、ネオの体はマシン達に運ばれ、厳かにマシンシティの摩天楼の中に消えていった。
RESURRECTIONS
スミスとの戦いで倒れたがその特異性に目を付けた新たなアーキテクトであるアナリストによって高効率の発電機として蘇生させられる。蘇生してすぐにマトリックスに繋がれ3部作の出来事を自分が開発したゲームの内容と思いこまされゲーム会社の世界的なゲームデザイナー、トーマス・A・アンダーソンとして生活させられていた。度々起こる幻覚やフラッシュバックからゲームの内容は現実にあったことではないかと疑念を抱いていたところネオを探していたモーフィアス、バッグスに発見され現実世界へ帰還する。
モーフィアス

伝説的なハッカーであり、仮想世界の中では最も危険なテロリストということになっている。最後の人類の街（ザイオン）に属する工作船・ネブカデネザル号の船長。救世主の存在を頑に信じ、ついにネオを探し出す。ネオが救世主であると信じきれないザイオンの幹部から煙たがられ、やがて孤立する。マトリックスに入り共に戦う戦士たちや、他の船長からの信頼は厚い。鼻眼鏡のサングラスをかけている。
THE MATRIX
ネブカデネザル号の船長で、ネオたちの父親的存在。オラクルの予言による救世主伝説を信じている。ネオに赤の薬を飲ませ現実世界へと導き、ネオに柔術や仮想世界での戦い方を覚えさせる。サイファーの裏切りで、エージェントに拘束され拷問を受けるが、ネオとトリニティーによって助けられる。
RELOADED
救世主探しの旅を終え、ネオの使命を果たすために命がけでサポートし、エージェントやメロビンジアン配下のツインズと激闘を繰り広げる。昔の恋人（ナイオビ）がロック司令官と付き合っているためか、彼とは犬猿の仲。予言を信じる彼の信念は、本作の終盤で大きな試練を迎える。
REVOLUTIONS
ネオを救うために、メロビンジアンが潜む地下クラブにトリニティーとセラフの三人で殴りこむ。マトリックス内のオラクルへも予言への疑義を口にするも、ネオとトリニティーが信じる道を後押しすることを決意。ザイオンを救うために、ナイオビのハンマー号の操縦をサポートした。
トリニティー
THE MATRIX
ネブカデネザル号の副船長。黒髪のショートカットの美女で本作のヒロイン。かつては国税局のコンピュータに侵入した凄腕ハッカーだったが、モーフィアスと出会って仮想世界の真実を知り、共に戦う。ネオの案内役として現実世界へと導き、以前から彼に好意を持っていた。サイファーからの好意は無視し、サイファーが反乱を起こした時に殺されかけるがタンクに救われる。モーフィアスが捕縛された時にネオと共にビルに侵入し、エージェントと戦い救出する。ネオがスミスに殺された時、自身の愛でネオを蘇生させる。ネオには直接出会うまで男だと思われていた。
RELOADED
冒頭のネオの夢では、エージェント・トンプソンに射殺される。モーフィアスと共にネオをサポートし、キー・メーカーを連れ出す。ビジラント号の爆破によりネオ達が窮地に陥ったため、急遽マトリックスに再突入し予知夢が現実のものとなるが、ネオによって蘇生した。
REVOLUTIONS
ネオを救うために、メロビンジアンが潜む地下クラブにモーフィアスとセラフの三人で殴りこむ。その後ネオと共にマシンシティの心臓部に向かうが、制御不能になったロゴス号がマシンシティの構造物に衝突した際に致命傷を負い、ネオに看取られながら息絶えた。
その他の乗組員
サイファー（レーガン）
『THE MATRIX』のみに登場。